Le texte le plus ancien relatif au manoir du Leuzeu date de 1274 et parle d’une grange monastique, sans doute fondée par le monastère Saint-Marcel-les-Chalon, puis un texte de 1328 attribue le Leuzeu aux ducs de Bourgogne, un pavillon de chasse selon la tradition au centre d’un immense domaine de plus de 300 hectares dont les 2/3 en forêts.

Or les vestiges de murs anciens, la présence d’une petite pièce souterraine, la découverte de morceaux d’escalier en pierre tournant, laissent à penser que l’espace bâti au Moyen Age était aussi important que celui du XVIIème siècle.

C’est au XVIIème siècle qu’un noble, Jean de Gastebois, conseiller du duc d’Orléans, reconstitue par rachats le domaine des ducs de Bourgogne et fait construire un manoir fortifié, entouré d’un mur d’enceinte. Ce domaine, qui se transmet souvent par la dot des femmes, restera aux mains de deux familles seulement jusqu’à nos jours.
Une seule interruption dans cette continuité : lors de la Révolution de 1789, le propriétaire Louis Fardel de Daix émigre et le Leuzeu est déclaré Bien national et acheté par des agriculteurs des villages voisins. Mais les propriétaires rachètent leur domaine en 1811 et se font indemniser.
Les familles nobles propriétaires du Leuzeu ne résident pas sur place mais à Dijon.

Elles se réservent cependant une partie des bâtiments, ce que l’on appelle « la maison des maîtres », dont une grande pièce au plafond à la française qui sera inscrit à l’inventaire des Monuments historiques en 1925 (ce plafond démonté au début des années 1950 est installé maintenant dans un hôtel particulier place Bossuet à Dijon).
Ce sont donc des fermiers qui cultivent les terres et qui versent aux propriétaires une rente annuelle, d’où le nom de « rente » donné au domaine : la rente du Leuzeu.

Les derniers fermiers, la famille Dupaquier, quittent le Leuzeu pour Flavignerot en 1930, se plaignant du mauvais état des bâtiments et de leur isolement (les plus proches villages Clémencey, Urcy ou Flavignerot sont à plus de 3 kilomètres).

Commence alors une longue dégradation des bâtiments, accélérée parfois par des pillages ou du vandalisme. Le prestigieux manoir du Leuzeu n’est plus qu’un tas de pierres au milieu d’une véritable jungle.

C’est une initiative individuelle en 2001 relayée par la création d’une association en 2007 -association qui achète l’espace des bâtiments et le vallon du Leuzeu, un peu plus de 7 hectares en 2010- qui redonne maintenant vie au Leuzeu.